CorTexT platform
The CorTexT Platform is the digital platform of LISIS Unit and a project launched and sustained by IFRIS and INRAE.
This platform aims at empowering open research and studies in humanities about the dynamic of science, technology, innovation and knowledge production.
After the emergence and generalization of network analysis in many disciplines and its valorization in on-line bibliometric tools and then in many social media infrastructure of digital business, quali-quantitative of data bases and the booming of @datas is creating a new space for research. Designing and engineering solution for the analysis and the visualization of datasets represents a scientific and technological challenge. Moreover, the next step towards digital humanities does not address only a technological gap for social sciences; it also means the development of epistemic bargain between disciplines of social sciences, artificial intelligence and computing sciences since the complexity of research problem is increasing in relation to the profusion of new data.
Latest newsVIEW ALL
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Présenter CorTexT Manager en 2 minutes
Cortext Manager est une application web construite par des chercheurs et par des ingénieurs à destination de chercheurs en sciences humaines et sociales, au plus près des questions portées par les chercheurs qui nous entourent et par notre communauté d’utilisateurs. Cette application web peut produire un grand nombre d’analyses différentes qui ont trait aux champs […]
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Analysis of the scientific production that mentioned the use of CorText Manager
There are two ways to understand what CorTexT Manager is. The first one is to look at what has been achieved in terms of methods, tools and therefore lines of code. The second one is studied below, by analyzing (here with CorTexT Manager) what academic users have published using… CorTexT Manager. Our study of the […]
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10 years of CorText Manager v2
It took us more than 10 years to come with CorText Manager version 2 as it is now! Behind the scenes CorText Manager begun with a first version in 2009. More than thirty contributors has worked directly or indirectly on the two versions, year after year. All the ideas, inspirations, all this accumulation of pieces […]
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RISIS Training: Thematic and spatial analysis of technologies using CorText Manager and RISIS patent database
One of the best CorText Manager training courses was organized and offered by the RISIS project. Here is the program of this training which lasted 3 days: Monday 08/11/21 14h-16h30: Session 1 Session 1a: Introduction on patent analysis (60’) Introductory lecture session • Welcoming introduction (Philippe Larédo) 5’ • Type of patents documents (Antoine Schoen) […]
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Early 2021 CorText Manager training sessions
CorText organized a series of training workshops on CorText Manager and its methods in January 2021! These workshops were imagined as a staircase with three successive steps : Session 1: Introduction Session 2: Method comparisons Session 3: Research questions and work on user’s corpus For these sessions, the subject chosen for the demonstrations and exercises […]
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Seminar and workshop during the Summer School of PPGCI IBICT UFRJ, Rio de Janeiro – 03/2020
In March 2020, the LabEx SITES post-doctoral researcher, Ale Abdo, traveled to Rio de Janeiro and São Paulo to organize two trainings on textual analysis and on a new method he developed and integrated at the CorText Infrastructure, as well as to participate in discussions on open and citizen science in Brazil, including the discussion […]
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A CorText Manager distance training session in the framework of the nanocellulose project – Grenoble, June 2020
For complementing the RISIS access requested (to Leiden publications DB and RISIS patent DB) by the GAEL laboratory (UMR INRAE, CNRS, UGA, INPG), in the framework of a research project on nanocellulose, the CorText team has provided , in June and July 2020, an advanced training on the use of CorText. After setting up of […]
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Covid-19: Pandemic and online social movements
A Covid-19 Data Sprint was organized by the D2SN Master of UGE. On June 30th, 2020 was presented an analysis of how, during the lockdown, people continued to express their dissatisfaction through online social movements. This analysis is based on the study of Twitter hashtags during this period. The study focuses on the evolution of […]
Latest scientific works using CorText Manager

2014
PhD Theses
Levain, Alix-Kathleen
Vivre avec l’algue verte : Médiations, épreuves et signes PhD Thesis
Museum National d'Histoire Naturelle, 2014.
@phdthesis{Levain2014,
title = {Vivre avec l’algue verte : Médiations, épreuves et signes},
author = {Alix-Kathleen Levain},
url = {https://halshs.archives-ouvertes.fr/tel-01098682/},
year = {2014},
date = {2014-01-01},
school = {Museum National d'Histoire Naturelle},
abstract = {Aborder les crises et les changements environnementaux sous l'angle de l'expérience de ceux qui y sont confrontés permet de prendre la mesure de ce qui est en jeu dans les processus contemporains d’écologisation. L’expérience écologique engage en effet des observations expertes et profanes sur le monde naturel, de plus en plus instrumentées par les sciences et les techniques et qui se construisent à différenteséchelles. Mais elle est aussi expérience sociale, en ce qu’elle oblige à penser ce qui, dans notre regard et dans celui des autres, se trouve interrogé par la formulation désormais principalement problématique des relations de l’homme avec les milieux qu’il habite et transforme. L’enquête ethnographique permet d’explorer simultanément ces deux dimensions indissociables d’une expérience problématique. Cette thèse explore les modes de prise en compte et de prise en charge des évolutions de l’environnement littoral, à partir d’une analyse de l’émergence de l’eutrophisation accélérée des milieux aquatiques, considérée aujourd'hui comme un problème écologique majeur à l'échelle mondiale. Elle s'appuie sur le cas des proliférations d'algues vertes, observées sur une partie du littoral breton depuis les années 1970 et directement reliées à l'intensification de l'élevage dans la région. Axe majeur du développement régional et fer de lance de l'agriculture française,le «modèle breton» est en effet àl'origine d'un enrichissement massif des eaux des rivières et des eaux côtières en nutriments. La thèse rend compte de la complexité de cette expérience vécue, montre les modes pluriels d'existence des marées vertes en tant que phénomène et en tant que problème public. A partir du comportement problématique des algues, compagnes indésirables de la modernité, ce sont les transformations et le devenir d'une société qui se trouvent interrogés et réévalués, au travers de la mutation douloureuse de ses rapports avec les êtres vivants environnants. Dans une perspective socio-‐anthropologique, la thèse s’attache de ce fait à décrire comment le phénomène est questionné, interprété, enrôlé. Elle analyse la façon dont se construisent les articulations et les médiations qui permettent de donner sens au désordre et aboutit à une proposition de relecture de l’écologisation comme expérience située et réflexive. },
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {phdthesis}
}
Technical Reports
Tancoigne, Elise; Barbier, Marc; Cointet, Jean-Philippe; Richard, Guy
2014.
@techreport{Tancoigne2014b,
title = {Les services écosystémiques dans la littérature scientifique : démarche d'exploration et résultats d'analyse : Rapport d'étude pour la phase d'exploration du métaprogramme EcoServ. },
author = {Elise Tancoigne and Marc Barbier and Jean-Philippe Cointet and Guy Richard},
url = {https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01157253/},
year = {2014},
date = {2014-01-01},
pages = {69},
abstract = {En 2005, le Millenium Ecosystem Assessment (MEA) a permis de reconnaître l’importance des écosystèmes pour le bien-être humain, ainsi que la diminution d’un certain nombre de services fournis à l’homme par ces mêmes écosystèmes au cours des dernières décennies. L’agriculture est considérée comme responsable de la diminution d’un certain nombre de services, ainsi que de la biodiversité, au profit du seul service d’approvisionnement en nourriture (Carpenter et al., 2009). Elle se trouve donc aujourd’hui plus que jamais confrontée à deux impératifs qui mettent en avant sa multifonctionnalité : garantir la fourniture de biens de consommation (nourriture, bois, eau potable...) et de bénéfices sociaux (e.g. emploi) tout en préservant la capacité des écosystèmes à fournir d’autres services (purification de l’eau, régulation du climat, etc.). EcoServ est un méta-programme de recherche en construction à l’Inra afin qu’y soit développée une recherche inter-disciplinaire sur les services fournis par les écosystèmes continentaux dépendants des activités agricoles et forestières. La présente analyse a été engagée dans le cadre de sa construction, afin de connaître la place des systèmes agricoles dans la littérature sur les services écosystémiques. Ce travail de scientométrie a été guidé par quatre questions principales : quelles sont les disciplines scientifiques impliquées dans cette recherche ? Quels sont les services écosystémiques abordés dans la littérature ? Quels sont les écosystèmes étudiés ? Quelle est la place de l’Inra dans ce paysage ? Le corpus est issu de la base de données bibliographique Web of Science. Il a été construit de manière large afin d’inclure les différents synonymes de la notion de « service écosystémique ». Différentes analyses lexicales ont ensuite été réalisées pour la période postérieure au MEA (2006-2012) à l’aide de la plateforme CorTexT manager de l’Ifris et de R (R Core Team, 2012) : extractions lexicales, catégorisations de termes, calculs de fréquences, cartes de cooccurences. Les termes les plus fréquemment utilisés dans les articles de la période 1975- 2012 sont ecosystem service (39 % des documents indexés), puis ecosystem function (29 %), ecological function (14 %) et environmental service (9 %). Le terme ecosystem function dominera jusqu’en 2007 où il sera supplanté par celui de ecosystem service qui connait une progression exponentielle suite à la publication du MEA (Millenium Ecosystem Assessment, 2003, 2005). Ce concept est particulièrement mobilisé par l’écologie et la biologie de la conservation, d’où il tire son origine. Les trois références les plus citées de ce corpus se situent en écologie (Costanza et al., 1997; Daily, 1997; Hooper et al., 2005). Les sciences agronomiques utilisent plutôt le terme de « services environnementaux », qui met l’accent sur les services rendus par l’homme à l’environnement. La place de l’Institut dans ce corpus étant très faible (1.5 %) malgré les résultats importants obtenus au cours de l’enquête réalisée début 2013 auprès des départements, il est très probable qu’un grand nombre de services soient étudiés à l’Inra sans que les chercheurs se réclament de cette notion. Le service le plus étudié est celui de production agricole. La majorité des services sont étudiés de manière isolée. Lorsqu’ils sont étudiés conjointement, les services concernés sont majoritairement des services qui agissent en synergie. Les services antagonistes sont très peu étudiés conjointement. Par conséquent, lorsque la notion de trade-off apparait dans la littérature, elle est surtout abordée de manière théorique et programmatique. En outre, elle peut concerner différents niveaux et différents objets : il peut s’agir de faire des compromis entre acteurs, ou bien entre désirs et réalité, ou bien encore entre Environnement et Humanité. Si les écosystèmes forestiers et agricoles sont parmi les écosystèmes les plus étudiés, ils le sont principalement dans leur dimension bio-physique, et très peu dans leur dimension sociale. L’idée d’étudier un socio-écosystème dans son ensemble n’est pas encore mise en oeuvre. Les problématiques de gestion des ressources naturelles sont abordées principalement par des méthodologies de l’économie classique : consentement à payer, évaluations contingentes, etc. Elles sont également très liées à un argumentaire en faveur du développement social. Tout ceci amène à penser qu’une grande partie de la littérature sur la gestion des services écosystémiques est avant tout d’ordre programmatique. Cette étude met également en évidence la limite du cadre conceptuel du MEA, limite qui a déjà été pointée à de nombreuses reprises dans la littérature. Ses catégories de service sont en effet de portée limitée pour repérer les services dans la littérature et elles ne permettent pas de détecter les dysservices (entendus ici comme des dysfonctionnements des écosystèmes), qui représentent pourtant une part importante de cette littérature. Cette étude possède également des limites importantes dans la mesure où sa source de données est loin d’être exhaustive et où son travail de catégorisation n’a pas permis de lever certaines ambiguïtés thématiques. Il est en effet souvent difficile de déterminer à partir de la liste de termes s’il s’agit d’un service rendu par les écosystèmes ou d’un service rendu par l’homme (ex. : forest protection). Pour conclure, ces résultats montrent que ce concept a peu été saisi par les sciences agronomiques, quand bien même de nombreuses études traitent des milieux agricoles ; qu’il est beaucoup abordé de manière programmatique et sans considérer le socio-écosystème dans son ensemble. Un grand nombre de travaux effectués à l’échelle du paysage incluent les agro-écosystèmes mais ne sont pas réalisés par les sciences agronomiques. Celles-ci ont intérêt à se placer sur ces « approches paysage » qui gagnent une place de plus en plus importante. Le développement d’une recherche intégrée sur la gestion des écosystèmes anthropisés prend donc tout son sens dans ce contexte, et un travail de sensibilisation important sera à réaliser à l’Inra pour familiariser les chercheurs avec la notion de « service écosystémique ». },
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {techreport}
}
2013
Journal Articles
Chavalarias, David; Cointet, Jean-Philippe
Phylomemetic patterns in science evolution - the rise and fall of scientific fields Journal Article
In: PloS one, vol. 8, no. 2, pp. e54847, 2013.
@article{chavalarias2013phylomemetic,
title = {Phylomemetic patterns in science evolution - the rise and fall of scientific fields},
author = {David Chavalarias and Jean-Philippe Cointet},
url = {https://doi.org/10.1371/journal.pone.0054847},
year = {2013},
date = {2013-01-01},
journal = {PloS one},
volume = {8},
number = {2},
pages = {e54847},
publisher = {Public Library of Science},
abstract = {We introduce an automated method for the bottom-up reconstruction of the cognitive evolution of science, based on big-data issued from digital libraries, and modeled as lineage relationships between scientific fields. We refer to these dynamic structures as phylomemetic networks or phylomemies, by analogy with biological evolution; and we show that they exhibit strong regularities, with clearly identifiable phylomemetic patterns. Some structural properties of the scientific fields - in particular their density -, which are defined independently of the phylomemy reconstruction, are clearly correlated with their status and their fate in the phylomemy (like their age or their short term survival). Within the framework of a quantitative epistemology, this approach raises the question of predictibility for science evolution, and sketches a prototypical life cycle of the scientific fields: an increase of their cohesion after their emergence, the renewal of their conceptual background through branching or merging events, before decaying when their density is getting too low.},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}
Keating, Peter; Cambrosio, Alberto; Nelson, Nicole; Mogoutov, Andrei; Cointet, Jean-Philippe
Therapy’s shadow: a short history of the study of resistance to cancer chemotherapy Journal Article
In: Frontiers in pharmacology, vol. 4, pp. 58, 2013.
@article{keating2013therapy,
title = {Therapy’s shadow: a short history of the study of resistance to cancer chemotherapy},
author = {Peter Keating and Alberto Cambrosio and Nicole Nelson and Andrei Mogoutov and Jean-Philippe Cointet},
url = {https://doi.org/10.3389/fphar.2013.00058},
year = {2013},
date = {2013-01-01},
journal = {Frontiers in pharmacology},
volume = {4},
pages = {58},
publisher = {Frontiers},
abstract = {This article traces the history of research on resistance to drug therapy in oncology using scientometric techniques and qualitative analysis. Using co-citation analysis, we generate maps to visualize subdomains in resistance research in two time periods, 1975–1990 and 1995–2010. These maps reveal two historical trends in resistance research: first, a shift in focus from generic mechanisms of resistance to chemotherapy to a focus on resistance to targeted therapies and molecular mechanisms of oncogenesis; and second, a movement away from an almost exclusive reliance on animal and cell models and toward the generation of knowledge about resistance through clinical trial work. A close reading of highly cited articles within each subdomain cluster reveals specific points of transition from one regime to the other, in particular the failure of several promising theories of resistance to be translated into clinical insights and the emergence of interest in resistance to a new generation of targeted agents such as imatinib and trastuzumab. We argue that the study of resistance in the oncology field has thus become more integrated with research into cancer therapy – rather than constituting it as a separate domain of study, as it has done in the past, contemporary research treats resistance as the flip side to treatment, as therapy’s shadow.},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}
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