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@article{raimbault2013caracterisation,
title = {Caractérisation du processus d’émergence de la biologie synthétique à partir d’une approche scientomiétrique},
author = {Benjamin Raimbault and Jean-Philippe Cointet and Pierre-Benoît Joly},
url = {https://doi.org/10.1051/medsci/201329s213},
year = {2013},
date = {2013-01-01},
journal = {médecine/sciences},
volume = {29},
pages = {47-55},
publisher = {Éditions EDK, Groupe EDP Sciences},
abstract = {La biologie de synthèse est un espace hétérogène dont la définition n’est pas stabilisée. Elle se situe à l’intersection de différents champs disciplinaires : chimie, biologie moléculaire, bio-informatique, et est classiquement abordée par la littérature selon trois angles [1–3] : 1 une approche « DNA based device construction » (biobrick), ou approche bottom-up, focalisée sur l’ingénierie de circuits de gènes synthétiques ; 2 une approche « genome-driven cell engineering », ou approche top-down, focalisée sur la synthèse d’un génome dans son intégralité ; 3 une approche « proto-cell creation » qui vise à recréer des systèmes cellulaires minimaux, et en vertu de laquelle les recherches sont focalisées sur le principe de l’émergence, ouvertement présenté comme un obstacle par les tenants de la première approche.
},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}

@article{cointet2012reseaux,
title = {Les réseaux de l’expression génique - Émergence et développement d’un domaine clé de la génomique},
author = {Jean-Philippe Cointet and Andrei Mogoutov and Pascale Bourret and Rim El Abed and Alberto Cambrosio},
url = {https://doi.org/10.1051/medsci/2012281s104},
year = {2012},
date = {2012-01-01},
journal = {médecine/sciences},
volume = {28},
pages = {7--13},
publisher = {Éditions EDK, Groupe EDP Sciences},
abstract = {Cet article analyse l’émergence et le développement d’un des domaines clés de la génomique, celui de l’expression génique (gene expression profiling), en utilisant des méthodes d’analyse informatisée et de cartographie du contenu des publications scientifiques. Les résultats de cette analyse détaillent le rôle central joué par l’oncologie dans le développement de ce domaine de recherche. Des démonstrations de principe utilisant un organisme modèle végétal ont rapidement débouché sur des preuves de l’utilité de cette approche dans le cas des hémopathies malignes et des applications dans le domaine des tumeurs solides, notamment les cancers du sein. L’étude met également en relief l’importance de la bioinformatique et des biostatistiques comme conditions de possibilité de ce type de recherches, qui s’imposent dès lors comme le troisième pôle, en plus du laboratoire et de la clinique, du triangle de la recherche translationnelle.},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}