2014 |
PhD Theses |
Omodei, Elisa Modeling the socio-semantic dynamics of scientific communities PhD Thesis Ecole normale supérieure-ENS PARIS, 2014. Abstract | Links | BibTeX @phdthesis{omodei2014modeling,
title = {Modeling the socio-semantic dynamics of scientific communities},
author = {Elisa Omodei},
url = {https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01097702/},
year = {2014},
date = {2014-01-01},
school = {Ecole normale supérieure-ENS PARIS},
abstract = {Comment les structures sociales et sémantiques d'une communauté scientifique guident-elles les dynamiques de collaboration à venir ? Dans cette thèse, nous combinons des techniques de traitement automatique des langues et des méthodes provenant de l'analyse de réseaux complexes pour analyser une base de données de publications scientifiques dans le domaine de la linguistique computationnelle : l'ACL Anthology. Notre objectif est de comprendre le rôle des collaborations entre les chercheurs dans la construction du paysage sémantique du domaine, et, symétriquement, de saisir combien ce même paysage influence les trajectoires individuelles des chercheurs et leurs interactions. Nous employons des outils d’analyse du contenu textuel pour extraire des textes des publications les termes correspondant à des concepts scientifiques. Ces termes sont ensuite connectés aux chercheurs pour former un réseau socio-sémantique, dont nous modélisons la dynamique à différentes échelles. Nous construisons d’abord un modèle statistique, à base de régressions logistiques multivariées, qui permet de quantifier le rôle respectif des propriétés sociales et sémantiques de la communauté sur la dynamique microscopique du réseau socio-sémantique. Nous reconstruisons par la suite l’évolution du champ de la linguistique computationelle en créant différentes cartographies du réseau sémantique, représentant les connaissances produites dans le domaine, mais aussi le flux d’auteurs entre les différents champs de recherche du domaine. En résumé, nos travaux ont montré que la combinaison des méthodes issues du traitement automatique des langues et de l'analyse des réseaux complexes permet d'étudier d'une manière nouvelle l'évolution des domaines scientifiques. },
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {phdthesis}
}
Comment les structures sociales et sémantiques d'une communauté scientifique guident-elles les dynamiques de collaboration à venir ? Dans cette thèse, nous combinons des techniques de traitement automatique des langues et des méthodes provenant de l'analyse de réseaux complexes pour analyser une base de données de publications scientifiques dans le domaine de la linguistique computationnelle : l'ACL Anthology. Notre objectif est de comprendre le rôle des collaborations entre les chercheurs dans la construction du paysage sémantique du domaine, et, symétriquement, de saisir combien ce même paysage influence les trajectoires individuelles des chercheurs et leurs interactions. Nous employons des outils d’analyse du contenu textuel pour extraire des textes des publications les termes correspondant à des concepts scientifiques. Ces termes sont ensuite connectés aux chercheurs pour former un réseau socio-sémantique, dont nous modélisons la dynamique à différentes échelles. Nous construisons d’abord un modèle statistique, à base de régressions logistiques multivariées, qui permet de quantifier le rôle respectif des propriétés sociales et sémantiques de la communauté sur la dynamique microscopique du réseau socio-sémantique. Nous reconstruisons par la suite l’évolution du champ de la linguistique computationelle en créant différentes cartographies du réseau sémantique, représentant les connaissances produites dans le domaine, mais aussi le flux d’auteurs entre les différents champs de recherche du domaine. En résumé, nos travaux ont montré que la combinaison des méthodes issues du traitement automatique des langues et de l'analyse des réseaux complexes permet d'étudier d'une manière nouvelle l'évolution des domaines scientifiques. |
Levain, Alix-Kathleen Vivre avec l’algue verte : Médiations, épreuves et signes PhD Thesis Museum National d'Histoire Naturelle, 2014. Abstract | Links | BibTeX @phdthesis{Levain2014,
title = {Vivre avec l’algue verte : Médiations, épreuves et signes},
author = {Alix-Kathleen Levain},
url = {https://halshs.archives-ouvertes.fr/tel-01098682/},
year = {2014},
date = {2014-01-01},
school = {Museum National d'Histoire Naturelle},
abstract = {Aborder les crises et les changements environnementaux sous l'angle de l'expérience de ceux qui y sont confrontés permet de prendre la mesure de ce qui est en jeu dans les processus contemporains d’écologisation. L’expérience écologique engage en effet des observations expertes et profanes sur le monde naturel, de plus en plus instrumentées par les sciences et les techniques et qui se construisent à différenteséchelles. Mais elle est aussi expérience sociale, en ce qu’elle oblige à penser ce qui, dans notre regard et dans celui des autres, se trouve interrogé par la formulation désormais principalement problématique des relations de l’homme avec les milieux qu’il habite et transforme. L’enquête ethnographique permet d’explorer simultanément ces deux dimensions indissociables d’une expérience problématique. Cette thèse explore les modes de prise en compte et de prise en charge des évolutions de l’environnement littoral, à partir d’une analyse de l’émergence de l’eutrophisation accélérée des milieux aquatiques, considérée aujourd'hui comme un problème écologique majeur à l'échelle mondiale. Elle s'appuie sur le cas des proliférations d'algues vertes, observées sur une partie du littoral breton depuis les années 1970 et directement reliées à l'intensification de l'élevage dans la région. Axe majeur du développement régional et fer de lance de l'agriculture française,le «modèle breton» est en effet àl'origine d'un enrichissement massif des eaux des rivières et des eaux côtières en nutriments. La thèse rend compte de la complexité de cette expérience vécue, montre les modes pluriels d'existence des marées vertes en tant que phénomène et en tant que problème public. A partir du comportement problématique des algues, compagnes indésirables de la modernité, ce sont les transformations et le devenir d'une société qui se trouvent interrogés et réévalués, au travers de la mutation douloureuse de ses rapports avec les êtres vivants environnants. Dans une perspective socio-‐anthropologique, la thèse s’attache de ce fait à décrire comment le phénomène est questionné, interprété, enrôlé. Elle analyse la façon dont se construisent les articulations et les médiations qui permettent de donner sens au désordre et aboutit à une proposition de relecture de l’écologisation comme expérience située et réflexive. },
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pubstate = {published},
tppubtype = {phdthesis}
}
Aborder les crises et les changements environnementaux sous l'angle de l'expérience de ceux qui y sont confrontés permet de prendre la mesure de ce qui est en jeu dans les processus contemporains d’écologisation. L’expérience écologique engage en effet des observations expertes et profanes sur le monde naturel, de plus en plus instrumentées par les sciences et les techniques et qui se construisent à différenteséchelles. Mais elle est aussi expérience sociale, en ce qu’elle oblige à penser ce qui, dans notre regard et dans celui des autres, se trouve interrogé par la formulation désormais principalement problématique des relations de l’homme avec les milieux qu’il habite et transforme. L’enquête ethnographique permet d’explorer simultanément ces deux dimensions indissociables d’une expérience problématique. Cette thèse explore les modes de prise en compte et de prise en charge des évolutions de l’environnement littoral, à partir d’une analyse de l’émergence de l’eutrophisation accélérée des milieux aquatiques, considérée aujourd'hui comme un problème écologique majeur à l'échelle mondiale. Elle s'appuie sur le cas des proliférations d'algues vertes, observées sur une partie du littoral breton depuis les années 1970 et directement reliées à l'intensification de l'élevage dans la région. Axe majeur du développement régional et fer de lance de l'agriculture française,le «modèle breton» est en effet àl'origine d'un enrichissement massif des eaux des rivières et des eaux côtières en nutriments. La thèse rend compte de la complexité de cette expérience vécue, montre les modes pluriels d'existence des marées vertes en tant que phénomène et en tant que problème public. A partir du comportement problématique des algues, compagnes indésirables de la modernité, ce sont les transformations et le devenir d'une société qui se trouvent interrogés et réévalués, au travers de la mutation douloureuse de ses rapports avec les êtres vivants environnants. Dans une perspective socio-‐anthropologique, la thèse s’attache de ce fait à décrire comment le phénomène est questionné, interprété, enrôlé. Elle analyse la façon dont se construisent les articulations et les médiations qui permettent de donner sens au désordre et aboutit à une proposition de relecture de l’écologisation comme expérience située et réflexive. |
Technical Reports |
Tancoigne, Elise; Barbier, Marc; Cointet, Jean-Philippe; Richard, Guy Les services écosystémiques dans la littérature scientifique : démarche d'exploration et résultats d'analyse : Rapport d'étude pour la phase d'exploration du métaprogramme EcoServ. Technical Report 2014. Abstract | Links | BibTeX @techreport{Tancoigne2014b,
title = {Les services écosystémiques dans la littérature scientifique : démarche d'exploration et résultats d'analyse : Rapport d'étude pour la phase d'exploration du métaprogramme EcoServ. },
author = {Elise Tancoigne and Marc Barbier and Jean-Philippe Cointet and Guy Richard},
url = {https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01157253/},
year = {2014},
date = {2014-01-01},
pages = {69},
abstract = {En 2005, le Millenium Ecosystem Assessment (MEA) a permis de reconnaître l’importance des écosystèmes pour le bien-être humain, ainsi que la diminution d’un certain nombre de services fournis à l’homme par ces mêmes écosystèmes au cours des dernières décennies. L’agriculture est considérée comme responsable de la diminution d’un certain nombre de services, ainsi que de la biodiversité, au profit du seul service d’approvisionnement en nourriture (Carpenter et al., 2009). Elle se trouve donc aujourd’hui plus que jamais confrontée à deux impératifs qui mettent en avant sa multifonctionnalité : garantir la fourniture de biens de consommation (nourriture, bois, eau potable...) et de bénéfices sociaux (e.g. emploi) tout en préservant la capacité des écosystèmes à fournir d’autres services (purification de l’eau, régulation du climat, etc.). EcoServ est un méta-programme de recherche en construction à l’Inra afin qu’y soit développée une recherche inter-disciplinaire sur les services fournis par les écosystèmes continentaux dépendants des activités agricoles et forestières. La présente analyse a été engagée dans le cadre de sa construction, afin de connaître la place des systèmes agricoles dans la littérature sur les services écosystémiques. Ce travail de scientométrie a été guidé par quatre questions principales : quelles sont les disciplines scientifiques impliquées dans cette recherche ? Quels sont les services écosystémiques abordés dans la littérature ? Quels sont les écosystèmes étudiés ? Quelle est la place de l’Inra dans ce paysage ? Le corpus est issu de la base de données bibliographique Web of Science. Il a été construit de manière large afin d’inclure les différents synonymes de la notion de « service écosystémique ». Différentes analyses lexicales ont ensuite été réalisées pour la période postérieure au MEA (2006-2012) à l’aide de la plateforme CorTexT manager de l’Ifris et de R (R Core Team, 2012) : extractions lexicales, catégorisations de termes, calculs de fréquences, cartes de cooccurences. Les termes les plus fréquemment utilisés dans les articles de la période 1975- 2012 sont ecosystem service (39 % des documents indexés), puis ecosystem function (29 %), ecological function (14 %) et environmental service (9 %). Le terme ecosystem function dominera jusqu’en 2007 où il sera supplanté par celui de ecosystem service qui connait une progression exponentielle suite à la publication du MEA (Millenium Ecosystem Assessment, 2003, 2005). Ce concept est particulièrement mobilisé par l’écologie et la biologie de la conservation, d’où il tire son origine. Les trois références les plus citées de ce corpus se situent en écologie (Costanza et al., 1997; Daily, 1997; Hooper et al., 2005). Les sciences agronomiques utilisent plutôt le terme de « services environnementaux », qui met l’accent sur les services rendus par l’homme à l’environnement. La place de l’Institut dans ce corpus étant très faible (1.5 %) malgré les résultats importants obtenus au cours de l’enquête réalisée début 2013 auprès des départements, il est très probable qu’un grand nombre de services soient étudiés à l’Inra sans que les chercheurs se réclament de cette notion. Le service le plus étudié est celui de production agricole. La majorité des services sont étudiés de manière isolée. Lorsqu’ils sont étudiés conjointement, les services concernés sont majoritairement des services qui agissent en synergie. Les services antagonistes sont très peu étudiés conjointement. Par conséquent, lorsque la notion de trade-off apparait dans la littérature, elle est surtout abordée de manière théorique et programmatique. En outre, elle peut concerner différents niveaux et différents objets : il peut s’agir de faire des compromis entre acteurs, ou bien entre désirs et réalité, ou bien encore entre Environnement et Humanité. Si les écosystèmes forestiers et agricoles sont parmi les écosystèmes les plus étudiés, ils le sont principalement dans leur dimension bio-physique, et très peu dans leur dimension sociale. L’idée d’étudier un socio-écosystème dans son ensemble n’est pas encore mise en oeuvre. Les problématiques de gestion des ressources naturelles sont abordées principalement par des méthodologies de l’économie classique : consentement à payer, évaluations contingentes, etc. Elles sont également très liées à un argumentaire en faveur du développement social. Tout ceci amène à penser qu’une grande partie de la littérature sur la gestion des services écosystémiques est avant tout d’ordre programmatique. Cette étude met également en évidence la limite du cadre conceptuel du MEA, limite qui a déjà été pointée à de nombreuses reprises dans la littérature. Ses catégories de service sont en effet de portée limitée pour repérer les services dans la littérature et elles ne permettent pas de détecter les dysservices (entendus ici comme des dysfonctionnements des écosystèmes), qui représentent pourtant une part importante de cette littérature. Cette étude possède également des limites importantes dans la mesure où sa source de données est loin d’être exhaustive et où son travail de catégorisation n’a pas permis de lever certaines ambiguïtés thématiques. Il est en effet souvent difficile de déterminer à partir de la liste de termes s’il s’agit d’un service rendu par les écosystèmes ou d’un service rendu par l’homme (ex. : forest protection). Pour conclure, ces résultats montrent que ce concept a peu été saisi par les sciences agronomiques, quand bien même de nombreuses études traitent des milieux agricoles ; qu’il est beaucoup abordé de manière programmatique et sans considérer le socio-écosystème dans son ensemble. Un grand nombre de travaux effectués à l’échelle du paysage incluent les agro-écosystèmes mais ne sont pas réalisés par les sciences agronomiques. Celles-ci ont intérêt à se placer sur ces « approches paysage » qui gagnent une place de plus en plus importante. Le développement d’une recherche intégrée sur la gestion des écosystèmes anthropisés prend donc tout son sens dans ce contexte, et un travail de sensibilisation important sera à réaliser à l’Inra pour familiariser les chercheurs avec la notion de « service écosystémique ». },
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pubstate = {published},
tppubtype = {techreport}
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En 2005, le Millenium Ecosystem Assessment (MEA) a permis de reconnaître l’importance des écosystèmes pour le bien-être humain, ainsi que la diminution d’un certain nombre de services fournis à l’homme par ces mêmes écosystèmes au cours des dernières décennies. L’agriculture est considérée comme responsable de la diminution d’un certain nombre de services, ainsi que de la biodiversité, au profit du seul service d’approvisionnement en nourriture (Carpenter et al., 2009). Elle se trouve donc aujourd’hui plus que jamais confrontée à deux impératifs qui mettent en avant sa multifonctionnalité : garantir la fourniture de biens de consommation (nourriture, bois, eau potable...) et de bénéfices sociaux (e.g. emploi) tout en préservant la capacité des écosystèmes à fournir d’autres services (purification de l’eau, régulation du climat, etc.). EcoServ est un méta-programme de recherche en construction à l’Inra afin qu’y soit développée une recherche inter-disciplinaire sur les services fournis par les écosystèmes continentaux dépendants des activités agricoles et forestières. La présente analyse a été engagée dans le cadre de sa construction, afin de connaître la place des systèmes agricoles dans la littérature sur les services écosystémiques. Ce travail de scientométrie a été guidé par quatre questions principales : quelles sont les disciplines scientifiques impliquées dans cette recherche ? Quels sont les services écosystémiques abordés dans la littérature ? Quels sont les écosystèmes étudiés ? Quelle est la place de l’Inra dans ce paysage ? Le corpus est issu de la base de données bibliographique Web of Science. Il a été construit de manière large afin d’inclure les différents synonymes de la notion de « service écosystémique ». Différentes analyses lexicales ont ensuite été réalisées pour la période postérieure au MEA (2006-2012) à l’aide de la plateforme CorTexT manager de l’Ifris et de R (R Core Team, 2012) : extractions lexicales, catégorisations de termes, calculs de fréquences, cartes de cooccurences. Les termes les plus fréquemment utilisés dans les articles de la période 1975- 2012 sont ecosystem service (39 % des documents indexés), puis ecosystem function (29 %), ecological function (14 %) et environmental service (9 %). Le terme ecosystem function dominera jusqu’en 2007 où il sera supplanté par celui de ecosystem service qui connait une progression exponentielle suite à la publication du MEA (Millenium Ecosystem Assessment, 2003, 2005). Ce concept est particulièrement mobilisé par l’écologie et la biologie de la conservation, d’où il tire son origine. Les trois références les plus citées de ce corpus se situent en écologie (Costanza et al., 1997; Daily, 1997; Hooper et al., 2005). Les sciences agronomiques utilisent plutôt le terme de « services environnementaux », qui met l’accent sur les services rendus par l’homme à l’environnement. La place de l’Institut dans ce corpus étant très faible (1.5 %) malgré les résultats importants obtenus au cours de l’enquête réalisée début 2013 auprès des départements, il est très probable qu’un grand nombre de services soient étudiés à l’Inra sans que les chercheurs se réclament de cette notion. Le service le plus étudié est celui de production agricole. La majorité des services sont étudiés de manière isolée. Lorsqu’ils sont étudiés conjointement, les services concernés sont majoritairement des services qui agissent en synergie. Les services antagonistes sont très peu étudiés conjointement. Par conséquent, lorsque la notion de trade-off apparait dans la littérature, elle est surtout abordée de manière théorique et programmatique. En outre, elle peut concerner différents niveaux et différents objets : il peut s’agir de faire des compromis entre acteurs, ou bien entre désirs et réalité, ou bien encore entre Environnement et Humanité. Si les écosystèmes forestiers et agricoles sont parmi les écosystèmes les plus étudiés, ils le sont principalement dans leur dimension bio-physique, et très peu dans leur dimension sociale. L’idée d’étudier un socio-écosystème dans son ensemble n’est pas encore mise en oeuvre. Les problématiques de gestion des ressources naturelles sont abordées principalement par des méthodologies de l’économie classique : consentement à payer, évaluations contingentes, etc. Elles sont également très liées à un argumentaire en faveur du développement social. Tout ceci amène à penser qu’une grande partie de la littérature sur la gestion des services écosystémiques est avant tout d’ordre programmatique. Cette étude met également en évidence la limite du cadre conceptuel du MEA, limite qui a déjà été pointée à de nombreuses reprises dans la littérature. Ses catégories de service sont en effet de portée limitée pour repérer les services dans la littérature et elles ne permettent pas de détecter les dysservices (entendus ici comme des dysfonctionnements des écosystèmes), qui représentent pourtant une part importante de cette littérature. Cette étude possède également des limites importantes dans la mesure où sa source de données est loin d’être exhaustive et où son travail de catégorisation n’a pas permis de lever certaines ambiguïtés thématiques. Il est en effet souvent difficile de déterminer à partir de la liste de termes s’il s’agit d’un service rendu par les écosystèmes ou d’un service rendu par l’homme (ex. : forest protection). Pour conclure, ces résultats montrent que ce concept a peu été saisi par les sciences agronomiques, quand bien même de nombreuses études traitent des milieux agricoles ; qu’il est beaucoup abordé de manière programmatique et sans considérer le socio-écosystème dans son ensemble. Un grand nombre de travaux effectués à l’échelle du paysage incluent les agro-écosystèmes mais ne sont pas réalisés par les sciences agronomiques. Celles-ci ont intérêt à se placer sur ces « approches paysage » qui gagnent une place de plus en plus importante. Le développement d’une recherche intégrée sur la gestion des écosystèmes anthropisés prend donc tout son sens dans ce contexte, et un travail de sensibilisation important sera à réaliser à l’Inra pour familiariser les chercheurs avec la notion de « service écosystémique ». |
2013 |
Journal Articles |
Chavalarias, David; Cointet, Jean-Philippe Phylomemetic patterns in science evolution - the rise and fall of scientific fields Journal Article PloS one, 8 (2), pp. e54847, 2013. Abstract | Links | BibTeX @article{chavalarias2013phylomemetic,
title = {Phylomemetic patterns in science evolution - the rise and fall of scientific fields},
author = {David Chavalarias and Jean-Philippe Cointet},
url = {https://doi.org/10.1371/journal.pone.0054847},
year = {2013},
date = {2013-01-01},
journal = {PloS one},
volume = {8},
number = {2},
pages = {e54847},
publisher = {Public Library of Science},
abstract = {We introduce an automated method for the bottom-up reconstruction of the cognitive evolution of science, based on big-data issued from digital libraries, and modeled as lineage relationships between scientific fields. We refer to these dynamic structures as phylomemetic networks or phylomemies, by analogy with biological evolution; and we show that they exhibit strong regularities, with clearly identifiable phylomemetic patterns. Some structural properties of the scientific fields - in particular their density -, which are defined independently of the phylomemy reconstruction, are clearly correlated with their status and their fate in the phylomemy (like their age or their short term survival). Within the framework of a quantitative epistemology, this approach raises the question of predictibility for science evolution, and sketches a prototypical life cycle of the scientific fields: an increase of their cohesion after their emergence, the renewal of their conceptual background through branching or merging events, before decaying when their density is getting too low.},
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pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}
We introduce an automated method for the bottom-up reconstruction of the cognitive evolution of science, based on big-data issued from digital libraries, and modeled as lineage relationships between scientific fields. We refer to these dynamic structures as phylomemetic networks or phylomemies, by analogy with biological evolution; and we show that they exhibit strong regularities, with clearly identifiable phylomemetic patterns. Some structural properties of the scientific fields - in particular their density -, which are defined independently of the phylomemy reconstruction, are clearly correlated with their status and their fate in the phylomemy (like their age or their short term survival). Within the framework of a quantitative epistemology, this approach raises the question of predictibility for science evolution, and sketches a prototypical life cycle of the scientific fields: an increase of their cohesion after their emergence, the renewal of their conceptual background through branching or merging events, before decaying when their density is getting too low. |
