Cortext platform
We promote advanced qualitative-quantitative mixed methods, empowering researchers in the social sciences and humanities. Our primary focus is on studies about the dynamics of science, technology and innovation, and about the roles of knowledge and expertise in societies. Cortext is hosted by the LISIS research unit at Gustave Eiffel University, and was launched by French institutes IFRIS and INRAE, receiving their continued support.
At Cortext, we understand that the move towards digital humanities and computational methods doesn’t only address a technological gap for the social sciences, but entails entirely new assemblages between its disciplines and those of modern statistics and computer sciences. We work to tackle ever more complex research problems, and deal with the profusion of new and diverse sources of information, without losing sight of the situatedness and reflexivity required of studies of human societies.
Latest journal articles employing our instruments

Technical Reports
2014
Tancoigne, Elise; Barbier, Marc; Cointet, Jean-Philippe; Richard, Guy
2014, (hal-01157253 , version 1).
@techreport{Tancoigne2014b,
title = {Les services écosystémiques dans la littérature scientifique : démarche d'exploration et résultats d'analyse : Rapport d'étude pour la phase d'exploration du métaprogramme EcoServ. },
author = {Elise Tancoigne and Marc Barbier and Jean-Philippe Cointet and Guy Richard},
url = {https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01157253/},
year = {2014},
date = {2014-01-01},
urldate = {2014-01-01},
pages = {69},
abstract = {En 2005, le Millenium Ecosystem Assessment (MEA) a permis de reconnaître l’importance des écosystèmes pour le bien-être humain, ainsi que la diminution d’un certain nombre de services fournis à l’homme par ces mêmes écosystèmes au cours des dernières décennies. L’agriculture est considérée comme responsable de la diminution d’un certain nombre de services, ainsi que de la biodiversité, au profit du seul service d’approvisionnement en nourriture (Carpenter et al., 2009). Elle se trouve donc aujourd’hui plus que jamais confrontée à deux impératifs qui mettent en avant sa multifonctionnalité : garantir la fourniture de biens de consommation (nourriture, bois, eau potable...) et de bénéfices sociaux (e.g. emploi) tout en préservant la capacité des écosystèmes à fournir d’autres services (purification de l’eau, régulation du climat, etc.). EcoServ est un méta-programme de recherche en construction à l’Inra afin qu’y soit développée une recherche inter-disciplinaire sur les services fournis par les écosystèmes continentaux dépendants des activités agricoles et forestières. La présente analyse a été engagée dans le cadre de sa construction, afin de connaître la place des systèmes agricoles dans la littérature sur les services écosystémiques. Ce travail de scientométrie a été guidé par quatre questions principales : quelles sont les disciplines scientifiques impliquées dans cette recherche ? Quels sont les services écosystémiques abordés dans la littérature ? Quels sont les écosystèmes étudiés ? Quelle est la place de l’Inra dans ce paysage ? Le corpus est issu de la base de données bibliographique Web of Science. Il a été construit de manière large afin d’inclure les différents synonymes de la notion de « service écosystémique ». Différentes analyses lexicales ont ensuite été réalisées pour la période postérieure au MEA (2006-2012) à l’aide de la plateforme CorTexT manager de l’Ifris et de R (R Core Team, 2012) : extractions lexicales, catégorisations de termes, calculs de fréquences, cartes de cooccurences. Les termes les plus fréquemment utilisés dans les articles de la période 1975- 2012 sont ecosystem service (39 % des documents indexés), puis ecosystem function (29 %), ecological function (14 %) et environmental service (9 %). Le terme ecosystem function dominera jusqu’en 2007 où il sera supplanté par celui de ecosystem service qui connait une progression exponentielle suite à la publication du MEA (Millenium Ecosystem Assessment, 2003, 2005). Ce concept est particulièrement mobilisé par l’écologie et la biologie de la conservation, d’où il tire son origine. Les trois références les plus citées de ce corpus se situent en écologie (Costanza et al., 1997; Daily, 1997; Hooper et al., 2005). Les sciences agronomiques utilisent plutôt le terme de « services environnementaux », qui met l’accent sur les services rendus par l’homme à l’environnement. La place de l’Institut dans ce corpus étant très faible (1.5 %) malgré les résultats importants obtenus au cours de l’enquête réalisée début 2013 auprès des départements, il est très probable qu’un grand nombre de services soient étudiés à l’Inra sans que les chercheurs se réclament de cette notion. Le service le plus étudié est celui de production agricole. La majorité des services sont étudiés de manière isolée. Lorsqu’ils sont étudiés conjointement, les services concernés sont majoritairement des services qui agissent en synergie. Les services antagonistes sont très peu étudiés conjointement. Par conséquent, lorsque la notion de trade-off apparait dans la littérature, elle est surtout abordée de manière théorique et programmatique. En outre, elle peut concerner différents niveaux et différents objets : il peut s’agir de faire des compromis entre acteurs, ou bien entre désirs et réalité, ou bien encore entre Environnement et Humanité. Si les écosystèmes forestiers et agricoles sont parmi les écosystèmes les plus étudiés, ils le sont principalement dans leur dimension bio-physique, et très peu dans leur dimension sociale. L’idée d’étudier un socio-écosystème dans son ensemble n’est pas encore mise en oeuvre. Les problématiques de gestion des ressources naturelles sont abordées principalement par des méthodologies de l’économie classique : consentement à payer, évaluations contingentes, etc. Elles sont également très liées à un argumentaire en faveur du développement social. Tout ceci amène à penser qu’une grande partie de la littérature sur la gestion des services écosystémiques est avant tout d’ordre programmatique. Cette étude met également en évidence la limite du cadre conceptuel du MEA, limite qui a déjà été pointée à de nombreuses reprises dans la littérature. Ses catégories de service sont en effet de portée limitée pour repérer les services dans la littérature et elles ne permettent pas de détecter les dysservices (entendus ici comme des dysfonctionnements des écosystèmes), qui représentent pourtant une part importante de cette littérature. Cette étude possède également des limites importantes dans la mesure où sa source de données est loin d’être exhaustive et où son travail de catégorisation n’a pas permis de lever certaines ambiguïtés thématiques. Il est en effet souvent difficile de déterminer à partir de la liste de termes s’il s’agit d’un service rendu par les écosystèmes ou d’un service rendu par l’homme (ex. : forest protection). Pour conclure, ces résultats montrent que ce concept a peu été saisi par les sciences agronomiques, quand bien même de nombreuses études traitent des milieux agricoles ; qu’il est beaucoup abordé de manière programmatique et sans considérer le socio-écosystème dans son ensemble. Un grand nombre de travaux effectués à l’échelle du paysage incluent les agro-écosystèmes mais ne sont pas réalisés par les sciences agronomiques. Celles-ci ont intérêt à se placer sur ces « approches paysage » qui gagnent une place de plus en plus importante. Le développement d’une recherche intégrée sur la gestion des écosystèmes anthropisés prend donc tout son sens dans ce contexte, et un travail de sensibilisation important sera à réaliser à l’Inra pour familiariser les chercheurs avec la notion de « service écosystémique ». },
note = {hal-01157253 , version 1},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {techreport}
}
Journal Articles
2013
Chavalarias, David; Cointet, Jean-Philippe
Phylomemetic patterns in science evolution - the rise and fall of scientific fields Journal Article
In: PloS one, vol. 8, no. 2, pp. e54847, 2013.
@article{chavalarias2013phylomemetic,
title = {Phylomemetic patterns in science evolution - the rise and fall of scientific fields},
author = {David Chavalarias and Jean-Philippe Cointet},
url = {https://doi.org/10.1371/journal.pone.0054847},
doi = {10.1371/journal.pone.0054847},
year = {2013},
date = {2013-01-01},
urldate = {2013-01-01},
journal = {PloS one},
volume = {8},
number = {2},
pages = {e54847},
publisher = {Public Library of Science},
abstract = {We introduce an automated method for the bottom-up reconstruction of the cognitive evolution of science, based on big-data issued from digital libraries, and modeled as lineage relationships between scientific fields. We refer to these dynamic structures as phylomemetic networks or phylomemies, by analogy with biological evolution; and we show that they exhibit strong regularities, with clearly identifiable phylomemetic patterns. Some structural properties of the scientific fields - in particular their density -, which are defined independently of the phylomemy reconstruction, are clearly correlated with their status and their fate in the phylomemy (like their age or their short term survival). Within the framework of a quantitative epistemology, this approach raises the question of predictibility for science evolution, and sketches a prototypical life cycle of the scientific fields: an increase of their cohesion after their emergence, the renewal of their conceptual background through branching or merging events, before decaying when their density is getting too low.},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}
Keating, Peter; Cambrosio, Alberto; Nelson, Nicole; Mogoutov, Andrei; Cointet, Jean-Philippe
Therapy’s shadow: a short history of the study of resistance to cancer chemotherapy Journal Article
In: Frontiers in pharmacology, vol. 4, pp. 58, 2013.
@article{keating2013therapy,
title = {Therapy’s shadow: a short history of the study of resistance to cancer chemotherapy},
author = {Peter Keating and Alberto Cambrosio and Nicole Nelson and Andrei Mogoutov and Jean-Philippe Cointet},
url = {https://doi.org/10.3389/fphar.2013.00058},
doi = {10.3389/fphar.2013.00058},
year = {2013},
date = {2013-01-01},
urldate = {2013-01-01},
journal = {Frontiers in pharmacology},
volume = {4},
pages = {58},
publisher = {Frontiers},
abstract = {This article traces the history of research on resistance to drug therapy in oncology using scientometric techniques and qualitative analysis. Using co-citation analysis, we generate maps to visualize subdomains in resistance research in two time periods, 1975–1990 and 1995–2010. These maps reveal two historical trends in resistance research: first, a shift in focus from generic mechanisms of resistance to chemotherapy to a focus on resistance to targeted therapies and molecular mechanisms of oncogenesis; and second, a movement away from an almost exclusive reliance on animal and cell models and toward the generation of knowledge about resistance through clinical trial work. A close reading of highly cited articles within each subdomain cluster reveals specific points of transition from one regime to the other, in particular the failure of several promising theories of resistance to be translated into clinical insights and the emergence of interest in resistance to a new generation of targeted agents such as imatinib and trastuzumab. We argue that the study of resistance in the oncology field has thus become more integrated with research into cancer therapy – rather than constituting it as a separate domain of study, as it has done in the past, contemporary research treats resistance as the flip side to treatment, as therapy’s shadow.},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}
Raimbault, Benjamin; Cointet, Jean-Philippe; Joly, Pierre-Benoît
Caractérisation du processus d’émergence de la biologie synthétique à partir d’une approche scientomiétrique Journal Article
In: médecine/sciences, vol. 29, pp. 47-55, 2013.
@article{raimbault2013caracterisation,
title = {Caractérisation du processus d’émergence de la biologie synthétique à partir d’une approche scientomiétrique},
author = {Benjamin Raimbault and Jean-Philippe Cointet and Pierre-Benoît Joly},
url = {https://doi.org/10.1051/medsci/201329s213},
doi = {10.1051/medsci/201329s213},
year = {2013},
date = {2013-01-01},
urldate = {2013-01-01},
journal = {médecine/sciences},
volume = {29},
pages = {47-55},
publisher = {Éditions EDK, Groupe EDP Sciences},
abstract = {La biologie de synthèse est un espace hétérogène dont la définition n’est pas stabilisée. Elle se situe à l’intersection de différents champs disciplinaires : chimie, biologie moléculaire, bio-informatique, et est classiquement abordée par la littérature selon trois angles [1–3] : 1 une approche « DNA based device construction » (biobrick), ou approche bottom-up, focalisée sur l’ingénierie de circuits de gènes synthétiques ; 2 une approche « genome-driven cell engineering », ou approche top-down, focalisée sur la synthèse d’un génome dans son intégralité ; 3 une approche « proto-cell creation » qui vise à recréer des systèmes cellulaires minimaux, et en vertu de laquelle les recherches sont focalisées sur le principe de l’émergence, ouvertement présenté comme un obstacle par les tenants de la première approche.
},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}
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