2023
PhD Theses
Farigoule, Pauline
De la production de connaissances scientifiques à leur mobilisation dans un processus d’épidémio-surveillance le cas des réseaux d’interactions écologiques impliquant la bactérie Xylella fastidiosa en France. PhD Thesis
2023, (HAL Id: tel-04260913).
@phdthesis{Farigoule2023,
title = {De la production de connaissances scientifiques à leur mobilisation dans un processus d’épidémio-surveillance le cas des réseaux d’interactions écologiques impliquant la bactérie Xylella fastidiosa en France.},
author = {Pauline Farigoule},
url = {https://theses.hal.science/tel-04260913v1},
year = {2023},
date = {2023-10-26},
urldate = {2023-10-26},
abstract = {La bactérie Xylella fastidiosa est l’organisme de quarantaine avec une incidence socio-économique et environnementale potentielle considérée comme la plus grave en Europe. Elle est transmise par des insectes vecteurs polyphages. La compréhension des réseaux d’interactions écologiques est un prérequis indispensable à la mise en place de mesures de prophylaxie et de lutte. Cette thèse propose une approche transdisciplinaire avec l’étude des insectes vecteurs et une analyse des enjeux autour de la mobilisation de ces connaissances pour la préparation à une éventuelle crise. En écologie, l’étude des insectes vecteurs est menée à la fois en zone contaminée (Corse) et en zone indemne (principalement la Nouvelle-Aquitaine). En zone contaminée, les travaux de recherche permettent de mettre en évidence la bactérie dans les insectes vecteurs, avec une détection de Xylella fastidiosa à l’échelle du territoire Corse. En zone indemne, les insectes vecteurs potentiels et avérés de la bactérie et les interactions trophiques plantes-insectes dans les parcelles cultivées (principalement la vigne) et les milieux semi-naturels adjacents sont étudiés. Enfin, la mobilisation d’outils sociologiques (observation participante et entretiens semi-directifs) dans le champ des STS apportera un éclairage sur la production des connaissances scientifiques et leur mobilisation ou non dans des dispositifs réglementaires et de surveillance de la maladie.
L’étude de la bactérie en zone contaminée a conduit à la mise au point d’une méthode à haut débit pour détecter Xylella fastidiosa dans ses insectes vecteurs et son application sur des insectes collectés en Corse entre 2016 et 2020 permet de mettre en évidence que la bactérie est présente sur l’ensemble de l’île. De plus, les résultats de modèles statistiques montrent l’influence de la température sur les populations de bactérie avec une prévalence plus importante lorsque les températures hivernales sont plus douces. Dans une perspective de changements globaux, des projections climatiques jusqu’en 2100 ont été utilisées et ont montré que les aires favorables à la bactérie et son principal insecte vecteur resteraient importantes en Corse et largement superposées avec des déplacements possibles du pathosystème en altitude. Les études en zones indemnes ont montré que Philaenus spumarius, Neophilaenus capestris, Neophilaenus lineatus et Cicadella viridis, sont les quatre espèces d’insectes vecteurs principalement retrouvées sur le continent en France. Ces espèces sont majoritairement collectées en strates herbacées de prairies et en bordures de parcelles cultivées (vigne) par rapport aux inter-rangs. Ces observations mettent en évidence que les milieux semi-naturels et les bordures de parcelles sont plus favorables à la propagation de la bactérie et le risque de transmission de la bactérie aux plantes cultivées semble plus modéré car peu d’insectes ont été collectés dans les parcelles. Les résultats issus de la recherche académique sont mobilisés dans d’autres contextes dont le contexte réglementaire. Dans le cas de Xylella fastidiosa, les résultats montrent que les recherches mondiales sont partagées par l’ensemble de la communauté scientifique bien qu’elles soient regroupées selon la discipline et la maladie étudiées. En France, ces recherches sont dissociées selon les disciplines et les instituts et sont également impactées par la médiatisation de cette bactérie de quarantaine à lutte obligatoire. Enfin, le dispositif d’épidémio-surveillance concernant Xylella fastidiosa en France et appuyé sur la plateforme d’épidémio-surveillance en santé du végétal résulte d’arrangements entre la recherche et le gestionnaire du risque.
Ainsi, cette thèse propose une démarche transdisciplinaire afin d’éclairer la gestion intégrée des organismes pathogènes dans le cadre de la preparedness avec la production de résultats en écologie et l’analyse du système d’épidémio-surveillance de la bactérie en France.},
note = {HAL Id: tel-04260913},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {phdthesis}
}
L’étude de la bactérie en zone contaminée a conduit à la mise au point d’une méthode à haut débit pour détecter Xylella fastidiosa dans ses insectes vecteurs et son application sur des insectes collectés en Corse entre 2016 et 2020 permet de mettre en évidence que la bactérie est présente sur l’ensemble de l’île. De plus, les résultats de modèles statistiques montrent l’influence de la température sur les populations de bactérie avec une prévalence plus importante lorsque les températures hivernales sont plus douces. Dans une perspective de changements globaux, des projections climatiques jusqu’en 2100 ont été utilisées et ont montré que les aires favorables à la bactérie et son principal insecte vecteur resteraient importantes en Corse et largement superposées avec des déplacements possibles du pathosystème en altitude. Les études en zones indemnes ont montré que Philaenus spumarius, Neophilaenus capestris, Neophilaenus lineatus et Cicadella viridis, sont les quatre espèces d’insectes vecteurs principalement retrouvées sur le continent en France. Ces espèces sont majoritairement collectées en strates herbacées de prairies et en bordures de parcelles cultivées (vigne) par rapport aux inter-rangs. Ces observations mettent en évidence que les milieux semi-naturels et les bordures de parcelles sont plus favorables à la propagation de la bactérie et le risque de transmission de la bactérie aux plantes cultivées semble plus modéré car peu d’insectes ont été collectés dans les parcelles. Les résultats issus de la recherche académique sont mobilisés dans d’autres contextes dont le contexte réglementaire. Dans le cas de Xylella fastidiosa, les résultats montrent que les recherches mondiales sont partagées par l’ensemble de la communauté scientifique bien qu’elles soient regroupées selon la discipline et la maladie étudiées. En France, ces recherches sont dissociées selon les disciplines et les instituts et sont également impactées par la médiatisation de cette bactérie de quarantaine à lutte obligatoire. Enfin, le dispositif d’épidémio-surveillance concernant Xylella fastidiosa en France et appuyé sur la plateforme d’épidémio-surveillance en santé du végétal résulte d’arrangements entre la recherche et le gestionnaire du risque.
Ainsi, cette thèse propose une démarche transdisciplinaire afin d’éclairer la gestion intégrée des organismes pathogènes dans le cadre de la preparedness avec la production de résultats en écologie et l’analyse du système d’épidémio-surveillance de la bactérie en France.
2022
Journal Articles
Hernandez-Tenorio, Fabian; Miranda, Alejandra M.; Rodríguez, Carlos A.; Giraldo-Estrada, Catalina; Sáez, Alex A.
Potential Strategies in the Biopesticide Formulations: A Bibliometric Analysis Journal Article
In: Agronomy, vol. 12, iss. 2665, no. 11, 2022.
@article{Hernandez-Tenorio2022,
title = {Potential Strategies in the Biopesticide Formulations: A Bibliometric Analysis },
author = {Fabian Hernandez-Tenorio and Alejandra M. Miranda and Carlos A. Rodríguez and Catalina Giraldo-Estrada and Alex A. Sáez},
url = {https://www.mdpi.com/2073-4395/12/11/2665
https://www.mdpi.com/2073-4395/12/11/2665/pdf?version=1667202573},
doi = {https://doi.org/10.3390/agronomy12112665},
year = {2022},
date = {2022-10-01},
journal = {Agronomy},
volume = {12},
number = {11},
issue = {2665},
abstract = {Biopesticides are pest and pathogen management agents based on living microorganisms or natural products (botanical origin). Due to their natural origins, they stand out as an environmentally friendly tool, since they quickly decompose and minimize pollution problems produced by synthetic pesticides. However, these products present significant challenges that affect the bioactivities of the active components, due to the degradation of the biomass or bioactive metabolite by factors such as air, light, and temperature. Therefore, in this study, a systematic search of the Scopus database was conducted and scientometric tools were used to evaluate formulation techniques and approaches that seek to improve the bioactivities of natural preparations. The results showed that published research on biopesticides has significantly increased by 71.24% in the last decade (2011–2021). Likewise, the bibliometrics showed, through temporal flow analysis, and in the period from 2010 to 2021, investigations evolved have toward the use of nanotechnology, with the purpose of improving and potentiating the formulations of biopesticides. Consequently, nanotechnology tools can be classified as current strategies of interest that allow the increase and protection of bioefficacy to a greater extent than traditional biopesticide preparations. This review constitutes an important contribution to future research and expands the panorama in relation to biopesticide formulations for the control of agricultural pests.},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}
Carrillo, Mercedes García; Testoni, Federico; Gagnon, Marc-André; Rikap, Cecilia; Blaustein, Matías
Academic dependency: the influence of the prevailing international biomedical research agenda on Argentina’s CONICET Journal Article
In: Heliyon, vol. 8, 2022.
@article{Carrillo2022,
title = {Academic dependency: the influence of the prevailing international biomedical research agenda on Argentina’s CONICET},
author = {Mercedes García Carrillo and Federico Testoni and Marc-André Gagnon and Cecilia Rikap and Matías Blaustein},
url = {https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S2405844022027694
https://www.cell.com/action/showPdf?pii=S2405-8440%2822%2902769-4},
doi = {https://doi.org/10.1016/j.heliyon.2022.e11481},
year = {2022},
date = {2022-09-01},
urldate = {2022-09-01},
journal = {Heliyon},
volume = {8},
abstract = {Background
The prevailing health and biomedical sciences (HBMS) research agenda, not only determined by leading academic institutions but also by large pharmaceutical companies, has been shown to prioritize the exploration of novel pharmacological interventions over the study of the socio-environmental factors influencing illness onset and progression. The aim of this investigation is to quantitatively explore whether and to what extent the prevailing international HBMS research agenda and the key actors setting this agenda influence research in non-core countries.
Methods
We used the Web of Science database and the CorText platform to proxy the HBMS research agenda of a prestigious research institution from Latin America: Argentina’s National Research Council (CONICET). We conducted a bibliometric and lexical analysis of 16,309 HBMS academic articles whereby CONICET was among the authors' affiliations. The content of CONICET’s agenda was represented through co-occurrence network maps of the most frequent concatenation of terms found in titles, keywords, and abstracts. We compared our findings with previous reports on the international HBMS research agenda.
Results
In line with the results previously reported for the prevailing international agenda, we found that terms linked to molecular biology and cancer research hegemonize CONICET’s HBMS research agenda, whereas terms connecting HBMS research with socio-environmental cues are marginal. However, we also found differences with the international agenda: CONICET's HBMS agenda shows a marginal presence of terms linked to translational medicine, while terms associated with categories such as pathogens, plant research, agrobiotechnology, and food industry are more represented than in the prevailing agenda.
Conclusions
CONICET’s HBMS research agenda shares topics, priorities, and methodologies with the prevailing HBMS international research agenda. However, CONICET's HBMS research agenda is internally heterogeneous, appearing to be mostly driven by a combination of elements that not only reflect academic dependency (the adoption of the prevailing research agenda by non-core research institutions) but also local economic determinants associated with Argentina’s place in the international division of labor as an exporter of primary goods.},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}
The prevailing health and biomedical sciences (HBMS) research agenda, not only determined by leading academic institutions but also by large pharmaceutical companies, has been shown to prioritize the exploration of novel pharmacological interventions over the study of the socio-environmental factors influencing illness onset and progression. The aim of this investigation is to quantitatively explore whether and to what extent the prevailing international HBMS research agenda and the key actors setting this agenda influence research in non-core countries.
Methods
We used the Web of Science database and the CorText platform to proxy the HBMS research agenda of a prestigious research institution from Latin America: Argentina’s National Research Council (CONICET). We conducted a bibliometric and lexical analysis of 16,309 HBMS academic articles whereby CONICET was among the authors' affiliations. The content of CONICET’s agenda was represented through co-occurrence network maps of the most frequent concatenation of terms found in titles, keywords, and abstracts. We compared our findings with previous reports on the international HBMS research agenda.
Results
In line with the results previously reported for the prevailing international agenda, we found that terms linked to molecular biology and cancer research hegemonize CONICET’s HBMS research agenda, whereas terms connecting HBMS research with socio-environmental cues are marginal. However, we also found differences with the international agenda: CONICET's HBMS agenda shows a marginal presence of terms linked to translational medicine, while terms associated with categories such as pathogens, plant research, agrobiotechnology, and food industry are more represented than in the prevailing agenda.
Conclusions
CONICET’s HBMS research agenda shares topics, priorities, and methodologies with the prevailing HBMS international research agenda. However, CONICET's HBMS research agenda is internally heterogeneous, appearing to be mostly driven by a combination of elements that not only reflect academic dependency (the adoption of the prevailing research agenda by non-core research institutions) but also local economic determinants associated with Argentina’s place in the international division of labor as an exporter of primary goods.
Saubin, Méline; Louet, Clémentine; Bousset, Lydia; Fabre, Frédéric; Frey, Pascal; Fudal, Isabelle; Grognard, Frédéric; Hamelin, Frédéric; Mailleret, Ludovic; Stoeckel, Solenn; Touzeau, Suzanne; Petre, Benjamin; Halkett, Fabien
Improving sustainable crop protection using population genetics concepts Journal Article
In: Molecular Ecology, no. 0, pp. 1-11, 2022.
@article{Saubin2022,
title = {Improving sustainable crop protection using population genetics concepts},
author = {Méline Saubin and Clémentine Louet and Lydia Bousset and Frédéric Fabre and Pascal Frey and Isabelle Fudal and Frédéric Grognard and Frédéric Hamelin and Ludovic Mailleret and Solenn Stoeckel and Suzanne Touzeau and Benjamin Petre and Fabien Halkett},
url = {https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/mec.16634},
doi = {/10.1111/mec.16634},
year = {2022},
date = {2022-07-30},
urldate = {2022-07-30},
journal = {Molecular Ecology},
number = {0},
pages = {1-11},
abstract = {Growing genetically resistant plants allows pathogen populations to be controlled and reduces the use of pesticides. However, pathogens can quickly overcome such resistance. In this context, how can we achieve sustainable crop protection? This crucial question has remained largely unanswered despite decades of intense debate and research effort. In this study, we used a bibliographic analysis to show that the research field of resistance durability has evolved into three subfields: (1) “plant breeding” (generating new genetic material), (2) “molecular interactions” (exploring the molecular dialogue governing plant–pathogen interactions) and (3) “epidemiology and evolution” (explaining and forecasting of pathogen population dynamics resulting from selection pressure[s] exerted by resistant plants). We argue that this triple split of the field impedes integrated research progress and ultimately compromises the sustainable management of genetic resistance. After identifying a gap among the three subfields, we argue that the theoretical framework of population genetics could bridge this gap. Indeed, population genetics formally explains the evolution of all heritable traits, and allows genetic changes to be tracked along with variation in population dynamics. This provides an integrated view of pathogen adaptation, in particular via evolutionary–epidemiological feedbacks. In this Opinion Note, we detail examples illustrating how such a framework can better inform best practices for developing and managing genetically resistant cultivars.},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}
2021
Journal Articles
Tancoigne, Elise
Régimes de sélection microbienne : le cas du microbe laitier (France, 1970-1999) Journal Article
In: Revue d’anthropologie des connaissances, vol. 15-3, 2021, ISSN: 1760-5393.
@article{nokey,
title = {Régimes de sélection microbienne : le cas du microbe laitier (France, 1970-1999)},
author = {Elise Tancoigne},
url = {https://serval.unil.ch/resource/serval:BIB_298D4DC1463F.P001/REF
https://journals.openedition.org/rac/25075},
issn = {1760-5393},
year = {2021},
date = {2021-09-01},
urldate = {2021-09-01},
journal = {Revue d’anthropologie des connaissances},
volume = {15-3},
school = {UNIL},
abstract = {La reconnaissance de la perte de biodiversité « sauvage » comme un problème public, c’est-à-dire un problème relevant du champ de l’action publique, relève d’une histoire décrite comme principalement internationale et scientifique (Mauz & Granjou, 2010).
Cette histoire met en scène des lanceurs d’alerte académiques actifs dans les années 1970 et 1980, qui parviennent à transformer ce problème initialement scientifique en un problème politique pris en charge dans des espaces de négociation internationaux. À contrario, la reconnaissance de la perte de biodiversité spécifiquement agricole est généralement décrite comme prenant naissance beaucoup plus tôt, au début du XXe siècle, en lien étroit non pas avec l’activité de scientifiques entrepreneurs mais avec des changements importants de régimes de sélection des espèces végétales et animales (Allaire et al., 2018 ; Bonneuil, 2019), qui définissent les modalités de gestion, d’accès et de transformation de ces ressources.
Ces récits ont tous pour point commun de s’intéresser à la mise en politique d’une partie seulement de la biodiversité, à savoir la biodiversité animale ou végétale. Ils laissent ainsi dans l’ombre la mise en politique de la biodiversité des microorganismes, qui représentent pourtant la biomasse la plus importante après les plantes (Bar-Onet al., 2018) et sont tout autant insérés que plantes ou animaux domestiques dans de multiples économies marchandes. Bactéries, levures et moisissures domestiques jouent en effet un rôle important dans toutes les sphères de la vie humaine, que ce soit dans la production d’aliments fermentés comme le pain, le vin ou le fromage, dans la production de composés pharmaceutiques et industriels ou encore dans la restauration des sols. Jusqu’à présent, ce sont principalement les régimes de régulation des microbes pathogènes qui ont été étudiés, par exemple à travers l’histoire de la microbiologie médicale (Löwy, 2015), l’analyse de dispositifs de contrôle des maladies infectieuses (Newsom Kerr, 2017) ou de réseaux de surveillance épidémiologique (Fortané, 2015).},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}
Cette histoire met en scène des lanceurs d’alerte académiques actifs dans les années 1970 et 1980, qui parviennent à transformer ce problème initialement scientifique en un problème politique pris en charge dans des espaces de négociation internationaux. À contrario, la reconnaissance de la perte de biodiversité spécifiquement agricole est généralement décrite comme prenant naissance beaucoup plus tôt, au début du XXe siècle, en lien étroit non pas avec l’activité de scientifiques entrepreneurs mais avec des changements importants de régimes de sélection des espèces végétales et animales (Allaire et al., 2018 ; Bonneuil, 2019), qui définissent les modalités de gestion, d’accès et de transformation de ces ressources.
Ces récits ont tous pour point commun de s’intéresser à la mise en politique d’une partie seulement de la biodiversité, à savoir la biodiversité animale ou végétale. Ils laissent ainsi dans l’ombre la mise en politique de la biodiversité des microorganismes, qui représentent pourtant la biomasse la plus importante après les plantes (Bar-Onet al., 2018) et sont tout autant insérés que plantes ou animaux domestiques dans de multiples économies marchandes. Bactéries, levures et moisissures domestiques jouent en effet un rôle important dans toutes les sphères de la vie humaine, que ce soit dans la production d’aliments fermentés comme le pain, le vin ou le fromage, dans la production de composés pharmaceutiques et industriels ou encore dans la restauration des sols. Jusqu’à présent, ce sont principalement les régimes de régulation des microbes pathogènes qui ont été étudiés, par exemple à travers l’histoire de la microbiologie médicale (Löwy, 2015), l’analyse de dispositifs de contrôle des maladies infectieuses (Newsom Kerr, 2017) ou de réseaux de surveillance épidémiologique (Fortané, 2015).
Conferences
Barbier, Marc; Farigoule, Pauline; Cruaud, Astrid; Rossi, Jean-Pierre
A socio-semantic analysis of the research domain on Xylella fastidiosa Conference
2021.
@conference{Barbier2021c,
title = {A socio-semantic analysis of the research domain on Xylella fastidiosa},
author = {Marc Barbier and Pauline Farigoule and Astrid Cruaud and Jean-Pierre Rossi},
url = {https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03364873/file/BARBIER%20FARIGOULE%20poster_EFSA_Scientometric.pdf
https://www.efsa.europa.eu/sites/default/files/event/210426-xylella-conf-book-abstracts.pdf},
year = {2021},
date = {2021-04-26},
urldate = {2021-04-26},
abstract = {The invasive plant pathogen Xylella fastidiosa currently threatens European flora through the loss of economically and culturally important host plants. Previously absent from Europe, and considered a quarantine pathogen, X. fastidiosa was first detected in Apulia, Italy in 2013 associated with a devastating disease of olive trees. Although the biology of X. fastidiosa has been studied for over a century, there is still no information on the determinants of specificity between bacterial genotypes and host plant species, which is particularly relevant today as X. fastidiosa is expanding in the naïve European landscape. We analyzed the genomes of 79 X. fastidiosa samples from diseased olive trees across the affected area in Italy as well as genomes of the most genetically closely related strains from Central America. We provided insights into the ecological and evolutionary emergence of this pathogen in Italy. We showed the pathogen was recently introduced, and we generated a list of candidate genes that could play a major role in the adaptation of X. fastidiosa to new environments.},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {conference}
}
Online
Saubin, Méline; Louet, Clémentine; Bousset, Lydia; Fabre, Frédéric; Fudal, Isabelle; Grognard, Frédéric; Mailleret, Ludovic; Stoeckel, Solenn; Touzeau, Suzanne; Petre, Benjamin; Halkett, Fabien
2021, visited: 01.10.2021.
@online{Saubin2021,
title = {Improving the design of sustainable crop protection strategies thanks to population genetics concepts},
author = {Méline Saubin and Clémentine Louet and Lydia Bousset and Frédéric Fabre and Isabelle Fudal and Frédéric Grognard and Ludovic Mailleret and Solenn Stoeckel and Suzanne Touzeau and Benjamin Petre and Fabien Halkett},
url = {https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03394837},
doi = {10.1111/mec.16634},
year = {2021},
date = {2021-10-01},
urldate = {2021-10-01},
abstract = {Cropping genetically resistant plants allows to control pathogen populations while substantially reducing chemical inputs. However, resistances are often quickly defeated by pathogens. In this context, how can sustainable crop protection be achieved? This question has shaped the debate about the durability of genetic resistances in agriculture for decades, and, despite active research efforts, has not been satisfactorily answered yet. Here we demonstrate from a bibliography analysis that the research field of resistance durability evolved into two non-overlapping directions: (i) the subfield of 'epidemiology and evolution', which aims to forecast and explain pathogen population dynamics; (ii) the subfield of 'molecular interactions', which studies the molecular processes involved in the overcoming of resistance and in the dialogue between plants and pathogens. After reviewing briefly these two subfields and the gap between the corresponding research communities, we propose strategies to merge these approaches into one by using the concepts of population genetics. Ultimately, such new eco-evolutionary studies could be used to determine the best strategy for the deployment of genetically resistant cultivars by integrating, from gene to landscape, all relevant and contextual biological knowledge into sound theoretical models.},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {online}
}
LIST OF SCIENTIFIC WORKS THAT HAVE USED CORTEXT MANAGER
(Sources: Google Scholar, HAL, Scopus, WOS and search engines)
We are grateful that you have found CorTexT Manager useful. Over the years, you have been more than 1050 authors to trust CorTexT for your publicly accessible analyzes. This represents a little less than 10% of CorTexT Manager user’s community. So, thank you!
We seek to understand how the scientific production that used CorText Manager has evolved and to characterise it. You will find here our analysis of this scientific production.
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